بدأ في بناء هذه الخانقاه الملك الناصر فرج ابن برقوق، سنة 801هـ-1398/99، وانتهى منها سنة 813هـ-1410/11، وهي بناء ضخم لا يقتصر على تربة. بل وضع تصميمها ونفذ على أن يخدم أغراضاً هامة متعددة، فهي مدرسة تدرس فيها العلوم الشرعية ومسجد جامع فسيح الأرجاء وتربة لآل برقوق، وخانقاه فخمة، استغرق بناؤها حوالي الاثنتي عشرة سنة. وبلغ من اهتمام الناصر فرج بها أنه جعل ما حولها مدينة أخرى عامرة بأسواقها وخاناتها وحماماتها ولكنه مات قبل أن يدرك كل غايته.
ففي طرفي هذه المجموعة البحري والقبلي سبيلان يعلوهما مكتبان أنيقان لتحفيظ الأبناء اليتامى القرآن. ومما يزيد الواجهة الغربية جمالاً مئذنتان تقوم إحداهما على يمين المكتب البحري والأخرى على يسار المكتب القبلي. أما الواجهة الشرقية فتتكون من قبتين شامختين متماثلتين رسماً وحجماً تعلو المحراب. وقد حلّيت أسطح القباب بنقوش بارزة متعرجة على شكل دالات نقشت في الحجر.
وقد دفن بالقبة البحرية الملك الظاهر برقوق (ت 801هـ) وأولاده ومنهم المنصور عبد العزيز (ت 809هـ). وفي القبة القبلية ابنة الناصر فرج (ت 887هـ) وخوند حريز (ت 811هـ). وللسلطان فرج بن برقوق زاوية تقع على رأس تقاطع شارع تحت الربع بقصبة رضوان، بناها جمال الدين يوسف الاستادار بأمر السلطان سنة 811هـ (1408) وقد لحق بهذه الزاوية سبيل جميل.